package bistro-bio

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package bistro-bio

bistro-bio
- Bistro_bio
  - Alignment_stats
  - Bed
  - Bedtools
    
    Cmd
  - Bowtie
  - Bowtie2
  - Busco
  - ChIPQC
  - Cisa
  - Cisbp
  - Comparative_genomics
  - DESeq2
    
    table
  - Deeptools
    
    compressed_numpy_array
    
    deeptools_matrix
  - Dnaseq_with_reference_genome
    
    Make
    
    S
    
    Sample
  - Ensembl
  - FastQC
  - Fasta
  - Fastq
  - Fastq_sample
    
    Data
    
    Make
    
    Data
  - Fastq_screen
  - Formats
    
    bam
    
    bed3
    
    bed4
    
    bed5
    
    bed6
    
    fasta
    
    fastq
    
    gff
    
    gff2
    
    gff3
    
    newick
    
    nexus
    
    nhx
    
    phred64_fastq
    
    phylip
    
    sam
    
    sanger_fastq
    
    solexa_fastq
    
    sra
  - Gff
  - Hisat2
  - Htseq
    
    count_tsv
  - Idba
  - Idr
  - Iqtree
  - Jaspar
  - Kallisto
    
    abundance_table
    
    index
  - Macs
    
    narrow_peaks
    
    peak_summits
    
    peaks_xls
  - Macs2
    
    broad_peaks
    
    narrow_peaks
    
    peak_summits
    
    peaks_xls
  - Meme_suite
  - Ncbi_genome
  - Phyml
  - Picardtools
  - Prokka
  - Quast
  - Raxml
  - SE_or_PE
  - Samtools
  - Spades
  - Sra_toolkit
  - Srst2
  - Star
  - Subread
    
    count_table
  - Tophat
  - Trinity
  - Ucsc_gb
    
    Lift_over
    
    chain_file
    
    bedGraph
    
    bigBed
    
    bigWig
    
    chrom_sizes
    
    twobit
    
    wig
bistro-bio.examples
- Bistro_bio_examples
  - Chen2008
    
    Dnaseq
    
    FQS
    
    Sample
  - Zhou2011

Legend:
Library
Module
Module type
Parameter
Class
Class type

module Alignment_stats : sig ... end

module Bed : sig ... end

module Bedtools : sig ... end

module Bowtie : sig ... end

module Bowtie2 : sig ... end

module Busco : sig ... end

module ChIPQC : sig ... end

module Cisa : sig ... end

module Cisbp : sig ... end

module Comparative_genomics : sig ... end

module DESeq2 : sig ... end

module Deeptools : sig ... end

module Dnaseq_with_reference_genome : sig ... end

module Ensembl : sig ... end

module FastQC : sig ... end

module Fasta : sig ... end

module Fastq : sig ... end

module Fastq_sample : sig ... end

module Fastq_screen : sig ... end

module Formats : sig ... end

module Gff : sig ... end

module Hisat2 : sig ... end

module Htseq : sig ... end

module Idba : sig ... end

module Idr : sig ... end

module Iqtree : sig ... end

module Jaspar : sig ... end

module Kallisto : sig ... end

module Macs : sig ... end

module Macs2 : sig ... end

module Meme_suite : sig ... end

module Ncbi_genome : sig ... end

module Phyml : sig ... end

module Picardtools : sig ... end

module Prokka : sig ... end

module Quast : sig ... end

module Raxml : sig ... end

module SE_or_PE : sig ... end

module Samtools : sig ... end

module Spades : sig ... end

{http://cab.spbu.ru/files/release3.14.0/manual.htmlSPADES assembler

module Sra_toolkit : sig ... end

module Srst2 : sig ... end

module Star : sig ... end

module Subread : sig ... end

module Tophat : sig ... end

module Trinity : sig ... end

module Ucsc_gb : sig ... end